帝国主义者对中国的边疆，一直怀有野心，一旦有机会，就想将中国的边疆从中国分裂出去，成他们的殖民地.
十九世纪六十年代中期，新疆各族民众在西北回民起义的影响下，发动了反清起义.一些封建主和宗教上层分子便利用反清一浪一潮，称霸一方，形成了好几个割据势力.占据南疆的民族败类金相印，为了能够取胜，竟向原来藩属中国的中亚浩罕汗国求援.汗国的军事头目阿古柏趁机出兵，占领了喀什噶尔、英吉沙、莎车等地方，后来干脆自立为王，建立了一个名为“哲德沙尔”的汗国，想把新疆从中国的版图上分裂出去.
这时候，正在中亚争夺霸权的英国人和俄国人，都一眼看中了阿古柏，想把他抢到手，作为肢解新疆领土的工具.特别是俄国的沙皇，他不但明目张胆地支持阿古柏叛乱政权，而且在公元1871年打着代中国“收复”领土的幌子，居然出兵占领伊犁，甚至还自说自话地把伊犁划为俄国的领土.
西北边防危机重重，迫在眉睫！全国民众纷纷要求出兵，收复新疆.可是，在清廷内部，却对要不要收复新疆产生了不同看法.北洋大臣李鸿章竭力反对，他说：“新疆地方大，人又少，每年要花去三百多万银两的军费.用这么一大笔钱去换几千里的贫瘠土地，实在是划不来.再说了，与俄国人打仗，我们几乎没有赢的可能.”
但是，陕甘总督左宗棠坚决主张出兵收复新疆，他据理力争道：“新疆是中国的西北门户，如果我们放弃了，那么，非但甘肃、陕西有麻烦，而且蒙古、山西从此也将不得安宁，就连北京城将来也会受到很大的威胁.”
他恐怕别人说自己贪功，所以又特别强调说：“我是一介书生，高官和厚禄，我连做梦也没想过，难道会有立功边疆，望得大恩的打算吗？更何况我已经是快要入土的人了，又怎么能够不自量力，抢挑收复失地的重担呢？只是我考虑到，新疆如果不收回，就会麻烦不断，后患无穷，这点报国忠心，不敢不尽啊！”
经过激烈的争论，朝廷最后接受了左宗棠出兵收复新疆的意见，并在公元1875年5月任命他为钦差大臣，负责新疆军务的统一指挥.这时候，左宗棠已是六十五岁的老人了，但是他仍不顾年老体弱，亲自出征.
新疆以天山为界，分为南疆和北疆.左宗棠为了速战速决，采取了先围攻北疆，再出兵南疆的策略;而围攻北疆的时候，又集中兵力，首先拿下乌鲁木齐.在他的指挥下，西征军立即向乌鲁木齐挺一进.
守卫乌鲁木齐的，是投靠阿古柏的叛将白彦虎.清军的先头部队趁夜发动猛攻，一举占领了乌鲁木齐的外围据点古牧地.阿古柏知道消息后，连忙派兵增援.经过三个多月的激战，清军最终打败阿古柏的援兵，收复了乌鲁木齐，还一口气攻克了昌吉、呼图壁、玛纳斯等地.白彦虎慌忙败逃南疆.
随后，左宗棠马不停蹄，向盘踞南疆的阿古柏军队发起总攻.清军只花了半个月的工夫，就突破了阿古柏设置的一道道防线，连续攻克达坂、鄯善、吐鲁番、托克逊，消灭敌人一万多.
英国人见势不妙，耍起“调停”花招，想让喀什噶尔变成保护国，并通过清政一府向左宗棠施加压力.左宗棠不予理睬，继续追击残敌，阿古柏被打得东躲西藏，最后服毒自一杀.他的儿子伯克一胡一里带残兵败将逃到俄国境内.
就这样，左宗棠前后只用了一年半的时间，就收复了除伊犁以外的新疆全部领土.