袁世凯死后，继任总统黎元洪、国务总理段祺瑞拒绝恢复孙中山在民国元年所制定而被袁废止了的中华民国临时约法，并解散国会；1917年 6月，长一江一巡阅使张勋率辫子军(因张勋及其部下在中华民国成立后仍留有辫子，故称辫子军) 进京，于7月1日演出了一场扶植清朝废帝溥仪复辟的闹剧，这场闹剧12天后被戡平，当时，政局仍混乱不堪。孙中山在上海立即号召维护约法，恢复国会。7月 17日，孙中山率海军一部赴广州，与广东、广西、云南、贵州各省地方实力派联合, 组织护法军，8月召开国会非常会议，9月初组成护法军政一府，任陆海军大元帅，陆荣廷、唐继尧任元帅，出师北伐，从此形成南北两个政权对立的局面。至 12月，护法军先后攻占长沙、重庆、潮州等地。在北方的革命一党一人也积极行动，组织陕西靖国军、山东靖国军、湖北靖国军等，响应护法。但不久，陆荣廷等与北京政一府勾结，主张南北议和， 停战撤兵；l918年5月，又强迫非常国会改组军政一府，废除大元帅决定制，改为七总裁合议制，孙中山为七总裁之一，剥夺孙中山的领导权。孙中山愤而辞职，离粤赴沪。1920年底，拥护革命的粤军将领许崇智驱走陆荣廷，又请孙中山回广州主持政局。1921年 4月，孙中山被选为非常大总统，重组军政一府，经过一番准备，于1922年 5月再次出师北伐，攻入一江一西。但 6月，已被免职的内务总长兼粤军总司令陈炯明又在广州发动叛乱，北伐再次夭折。1923年 1月陈炯明被逐后，孙中山由上海再到广州，以大元帅名义复职，3月组织陆海军大元帅府，致力于改组国民一党一，实行国共合作，创办黄埔军校，建立革命武装。1924年 10月第三次组织北伐。恰在这时，冯玉祥发动北京政变，邀请孙中山北上，北伐暂停。护法战争以无结果而告终。